Deakins sinh ra ở Torquay, thuộc hạt Devon của Anh.[3] Cha ông điều hành một công ty xây dựng, trong khi mẹ ông là một nữ diễn viên và họa sĩ nghiệp dư.[4] Deakins theo học Trường Ngữ pháp Nam sinh Torquay, [5] Ông học vẽ từ khi còn bé và sau đó đăng ký vào Học viện Nghệ thuật Bath ở Bath, Somerset, nơi ông học thiết kế đồ họa. Trong thời gian học tập tại Bath, Deakins đã phát triển niềm đam mê nhiếp ảnh; ông thường nhắc tới nhiếp ảnh gia Roger Mayne – người lúc đó là giảng viên khách mời tại học viện – làm nguồn cảm hứng chính cho các tác phẩm của mình.[4][6]

Sau khi tốt nghiệp đại học, Deakins nộp đơn vào Trường Điện ảnh Quốc gia lúc đó mới mở cửa, nhưng bị từ chối nhập học vì phong cách nhiếp ảnh của ông được cho là không đủ "chất điện ảnh". Ông dành cả năm sau đó để lang thang ở những vùng nông thôn, chụp ảnh cuộc sống nông thôn ở Bắc Devon, và cuối cùng được nhận vào Trường Điện ảnh Quốc gia vào năm 1972. Đạo diễn Michael Radford là một trong những người bạn của Deakins tại ngôi trường này.[4]